有機肥與菌肥都是肥料的種類之一，但是它們不是同一種肥料，廣義上的有機肥：俗稱農家肥，包括以各種動物、植物殘體或代謝物組成，如人畜糞便、秸稈、動物殘體、屠宰場廢棄物等。主要來源于植物和(或)動物施于土壤以提供植物營養(yǎng)為其主要功能的含碳物料.經生物物質、動植物廢棄物、植物殘體加工而來，消除了其中的有毒有害物質，富含大量有益物質。生物菌肥是以微生物的生命活動導致作物得到特定肥料效應的一種制品，是農業(yè)生產中使用肥料的一種。
菌肥是活體肥料，它的作用主要靠它含有的大量有益微生物的生命活動來完成。正因為微生物肥料是活制劑，所以其肥效與活菌數量、強度及周圍環(huán)境條件密切相關，包括溫度、水分、酸堿度、營養(yǎng)條件及原生活在土壤中土著微生物排斥作用都有一定影響，因此在應用時要加以注意。作為化肥的替代品，有機肥與生物菌肥是有機農業(yè)和綠色農業(yè)的基礎之一，由于兩者各有不足，目前已經出現并迅速推廣一種兼有兩者優(yōu)點的肥料生物有機肥。
生物有機肥含有功能菌和有機質，能改良土壤，促使被土壤固定的養(yǎng)分釋放。菌肥只含有功能菌，通過功能菌來提高土壤固定肥料的利用。生物有機肥的有機質本身就是功能菌生活的環(huán)境，施入土壤后容易存活；而生物菌肥的功能菌可能不適合某些土壤環(huán)境。
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